Ti svelo l'arcano.

Iniziamo con la considerazione che le due branches versione 2 utilizzano una sola Scene3D, come puoi vedere la MovieScene3D non c'è più nei packaging.

Tutti questi cambiamenti sono stati fatti per aumentare le prestazioni dell'engine. Anche per questo motivo, i progetti sviluppati con versioni precedenti la 2 non possono essere pubblicati con le nuove release, non c'è retrocompatibilità.

Adesso nel tuo esempio con la 1.7 tu istanzi una MovieScene3D, che ha, a differenza della Scene3D, la peculiarità di renderizzare come singole sprite ogni singolo oggetto, percui è possibile, come hai visto, associare un effetto agli oggetti che vengono renderizzati singolarmente.
Con la Scene3D questo non sarebbe stato possibile, perchè renderizza una sprite complessiva per tutto.

Le due versioni nuove, che non sono neanche beta e quindi c'è da valutare questo aspetto, partono da una strutturazione del mondo 3d completamente diversa.

Infatti mantengono entrambe la nuova architettura, però hanno separato lo sviluppo degli effetti nella versione Effects, per poi probabilmente fondere le due release quando saranno pronte per il rilascio.

A quanto ho visto con la Great White non si possono applicare filtri, anche se sono previsti nella base class DisplayObject3D, proprio perchè i layers per renderizzare gli effetti secondo il nuovo meccanismo sono stati messi solo nella versione Effects... (sicuramente poi queste due versioni si fonderanno in una sola quando verrà rilasciata ufficialmente la versione 2, che sarà unica penso).

Percui volendo utilizzare adesso gli effetti bisogna utilizzare la Effect, perchè la GW è mutilata da questo punto di vista.

Comunque dal tuo spunto ho visto che con la Effects si possono applicare i filtri ai singoli oggetti esattamente come hai fatto tu:

var cube:Cube = new Cube(...);
cube.flters = [new BlurFilter(2,2,2)];

però per essere renderizzati hanno bisogno del BitmapEffectLayer.

Quindi cosa succede con questa nuova versione:

possiamo mettere filtri ai singoli oggetti e sovrapporre altri filtri all'intera scena. Quindi si aprono molte possibilità, come per la composizione dei materiali... ovviamente il tutto è più complesso proprio per la mole di possibilità a disposizione.

A questo punto direi che conviene concentrarsi comunque su queste due versioni, proprio perchè come vedi è cambiato tutto dal profondo.

Adesso per conferma, se invece della MovieScene3D istanzi unaScene3D normale i tuoi effetti al cubo e alla sfera non saranno più renderizzati.

Perdonami se sono stato poco chiaro, ma essendo argomenti nuovi si va anche un po per supposizioni.