Intendo un INSERT per ogni query visto che la motivazione che hai portato per scartarla come soluzione ("perchè comunque per inserirvi i dati occorrerebbe effettuare delle insert e, a quel punto, si potrebbero fare direttamente sul sistema") non e' una valutazione corretta del reale peso sul sistema.Se, invece, intendevi una INSERT per ogni query...beh...allora hai semplicemente ripetuto ciò che ho scartato a priori nel topic...
Come gia' scritto, inserire in una tabella una coda di query (gli statement SQL) e' di gran lunga inferiore come carico che eseguire direttamente le query sul database.
Un esempio tipico e' l'aggiornamento di un campo all'interno di una tabella con migliaia di record. Inserire lo statement di UPDATE all'interno della tabella delle code e' pressoche' immediato mentre lanciare la reale query di UPDATE e' di gran lunga piu' dispendioso.