Windows XP usa una versione leggermente più recente di NTFS, per cui Windows 2000 ha qualche problema a scriverci sopra. Dovresti cancellare e ricreare le partizioni tramite il CD di installazione di Windows 2000, perdendo però tutti i dati memorizzati in esse.
Tra parentesi, il guadagno di prestazioni che otterresti tornando a Windows 2000 sarebbe irrisorio; piuttosto ottimizza al meglio il tuo XP.