Per questo problema PHPmyAdmin mette a disposizione una guida abbastanza semplice su come ovviare a questo problema. Dipende che versione di PHPmyAdmin hai.. Io uso la 2.11.5.1

inoltre devi stare attento ad un'altra cosa: il tempo massimo di esecuzione dello script di importazione. E' un parametro che devi modificare altrimenti devi stare ogni tre minuti a ricaricare lo script