quello che puoi fare e' mettere il file php nella document root di apache, in modo che ci puoi accedere tipo da http://localhost/tuofile.php
Poi fai un cronjob che fa wget http://localhost/tuofile.php.

Questo funziona di sicuro, io ho fatto cosi' per mandare le email di natale ai colleghi mentre io ero in volo per l'Italia.