probabilmente hai messo qualche margine o padding che influisce solo sul primo elemento - forse collegato all'header o a qualche elemento posizionato prima.

Con IE capitano spesso questi problemi, il cross-browser e' sempre difficile da realizzare.

E' meglio se crei un foglio di stile solo per IE in modo da poter correggere questi piccoli errori, lo puoi fare con i conditional comments.

Su IE6 inoltre le immagini sono tutte un po;' sbagliate, probabilmente hai usato tutte immagini PNG per le trasparenze? E' meglio modificarle perche' moltissimi utenti utilizzano o sono costretti ad utilizzare (per esempio dall'ufficio ) questo bel programma...

fammi sapere se sei riuscito a risolvere, ciao