Che io sappia <link rel> non è un header e non si può lanciare con header().

Il tuo tag lo aggiungi con un semplicissimo echo.
Fatto sta che, a prescindere che tu la possa prendere come una ritirata o meno, il refresh come lo vuoi fare te, suppongo abbia altri scopi.
Se usi <link rel> suppongo tu stia programmando in xHTML, per cui i meta tag vanno gestiti a dovere, non tramite le chiamate di php.