Ho risolto, e posto la soluzione.

L'include veniva effettuata dichiarando un path del file da includere in maniera assoluta.
In questo modo il php includeva soltanto l'html che veniva generato.

Ora è stato fatto un piccolo cambiamento, ossia impostata la variabile include_path nel php.ini come la directory include presente nella root del sito web, tutti i file vengono caricati li e semplicemente si includono con l'istruzione

include("nome_file.php");