quando dici
Faccio tutto quello che devo
la principale cambia nel frattempo?


codice:
onClick="var win1=window.open('profili_duso/profilo_duso.php','profilo_duso','scrollbars=yes,resizable=yes,width=900,height=500');"
se la principale non cambia, per chiudere win1 richiami semplicemente
win1.close()