devo essere sincero, non lo so, ma allo stesso tempo mi sembra strano che si blocchi a file così piccoli, in genere mysql può gestire una mole di dati ben più grande.

Come esegui la procedura? Quando dici che si blocca con file più grossi di un mega, questi file da dove vengono presi (fai un upload prima tramite ftp oppure carichi tramite http)?