se da una popup vuoi chiudere un' altra popup (var win1 dell' esempio), aperte dalla stessa principale

window.opener.win1.close()

questo e' il minimo indispensabile, poi sta a te perfezionare i controlli,
- la principale puo' essere stata nel frattempo chiusa
- l' altra popup puo' non essere mai stata aperta
- l' altra popup e' stata aperta ma e' gia' stata chiusa

tutte situazioni che, se non valutate preventivamente, generano errori