Concordo col gianinaz che tornare all'ISO dall'UTF8 è cercare il freddo per il letto: se il sito non funziona vuol dire che c'è un errore e deve essere trovato. Comunque la risposta letterale alla tua domanda è:

http://gnuwin32.sourceforge.net/packages/libiconv.htm

che consente il passaggio dei files da un charset all'altro.

P.S.: i programmi PHP solitamente sono (per convenzione) già in Latin1 (ISO8859-1). Dubito che una conversione bruta del testo di risolva qualcosa.