L'uso di uno Stream non mi sembra molto adatto al contesto, ma potrebbe essere relativamente facile "piegarlo": si potrebbero usare due TMemoryStream, uno contenente tutti i dati di origine e l'altro che verrà inizializzato con i soli dati da mantenere; scandendo il primo Stream, quando il byte è diverso da quello da scartare, si effettua la scrittura dello stesso byte nel secondo Stream. Alla fine, il secondo Stream conterrà solamente i byte "buoni".

Ciao!