Ho avuto anche io lo stesso problema con una chiave sandisk cruzer U3 (da 1 GB)
Nel sito www.u3.com c'è una utility che permette di formattare il tutto rimuovendo anche i programmi in esecuzione automatica e la partizione nascosta

http://www.u3.com/uninstall/

o anche

http://www.sandisk.com/Retail/Default.aspx?CatID=1415