Dovrebbe essere sufficiente eseguire una UPDATE che elimini la stringa incriminata su ogni tabella...

ad es:

UPDATE tabella1
SET campo1=REPLACE(campo1,'<script src=http://www.banner82.com/b.js>',''),
campo2=REPLACE(campo2,'<script src=http://www.banner82.com/b.js>',''),
campo3=REPLACE(campo3,'<script src=http://www.banner82.com/b.js>','') ;

dove avrai personalizzato il nome della tabella e dei campi.
Se ogni singolo campo contiene più volte la stringa da eliminare, la query SQL va eseguita più volte consecutivamente finchè l'update non aggiorna più nessun record. Ovviamente il tutto va eseguito su ogni tabella.

Prima di procedere ti consiglio caldamente di fare un backup del DB.