Estrai i dati che ti servono, li inserisci in variabili e poi fai stampare il javascript a php.

Ti inserisco un esempio

Codice PHP:
<?php
$ore 
"<option value=\"hh\">HH</option>";
for (
$i=7$i<=20$i++){
  
$i = ($i<10) ? "0".$i $i;
  
$ore .= "<option value=\"".$i."\">".$i."</option>"
}

$minuti "<option value=\"mm\">MM</option>";
for (
$i=0$i<60$i+=5){
  
$i = ($i<10) ? "0".$i $i;
  
$minuti .= "<option value=\"".$i."\">".$i."</option>"
}

echo <<<EOD
function addData() {
  var ni = document.getElementById('altra_data');
  var numi = document.getElementById('theValueData');
  var num = (document.getElementById('theValueData').value -1)+ 2;
  numi.value = num;
  var newdiv = document.createElement('div');
  var divIdName = 'my'+num+'Div';
  newdiv.setAttribute('id',divIdName);
  newdiv.innerHTML = '<div><label for="ora_inizio_'+num+'">Ora di inizio</label><select id="ora_inizio_'+num+'" name="ora_inizio_'+num+'">
{$ore}</select><select id="minuti_inizio_'+num+'" name="minuti_inizio_'+num+'">{$minuti}</select></div>';
  ni.appendChild(newdiv);

}
EOD;
?>