sinceramente non sono esperto di configurazione su windows, in locale non mi pongo il problema di mettere una condizione per l'uso del mod_rewrite, perchè so che è abilitato, e su linux faccio l'upload del file .htaccess solo se sono sicuro che il mod_rewrite è abilitato.

Per quanto riguarda la regola, nella parte dove indichi il percorso per raggiungere il file index devi mettere invece il percorso relativo alla posizione dell'htaccess.

ciao