Certo! Come vedi nel codice ho messo nelle variabile $minuti e $ore il contenuto che dovrà stampare javascript.

A questo punto faccio stampare a php il codice della funzione javascript e gli passo $ore e $minuti dove mi serve inserire i dati di php.

Esattamente qui:
Codice PHP:
<select id="ora_inizio_'+num+'" name="ora_inizio_'+num+'">{$ore}</select>
<select id="minuti_inizio_'+num+'" name="minuti_inizio_'+num+'">{$minuti}</select> 
in questo caso le variabili sono dentro {} perché sto usando la sintassi HEREDOC. Se non la conosci puoi usare un semplice echo come sempre.

Riepilogando
1) estrai i dati che ti servono e li metti in variabili
2) fai scrivere la funzione javascript a php
3) metti le variabili che ti servono in mezzo alla stringa che stamperà la funzione javascript

se hai altre difficoltà posta il codice!