ci sono molte differenze. La prima cosa per cui si chiede la distro usata, è quando si chiede "come si installano i programmi", perchè quello cambia da distro a distro. Altri motivi sono il modo di acquisire i diritti (alcune con sudo, altre con su di default), molte hanno tool appositi per configurare le varie parti del sistema (grafici o non), e i file di configurazione di ogni distro sono diversi (vedi i numerosi file di debian e derivate, e il singolo rc.conf di arch). Poi ovviamente il de usato di default ecc. Le differenze ci sono eccome...