Proteggere gli script da chi?
Agli utenti a casa arriva la pagina trasformata in HTML e quindi nessuno può copiare i tuoi script, ma se qualcuno ha accesso al server direttamente o via FTP, può tranquillamente copiare i tuoi files...

La "compilazione" avviene solo per velocizzare le operazioni, ma i sorgenti rimangono in chiaro. Con il "vecchio" ASP esiste un modo per criptare il codice utilizzando un programmino (cerca "VBEncode"), non so se sia possibile utilizzare qualcosa di simile per ASP.Net

Ciao