no guarda sono sicuro. e se nel mio server tropicale è così significa che una soluzione che richiede scrittura di files non può essere imposta a tutti.
Hai provato ad eseguire un file_put_contents() verso un file contenuto nella directory dove puoi fare l'upload? Che errore viene restituito dal PHP?

che ne dici della possibilità di impostare valori di default nella struttura #2?
Che cosa intendi "impostare valori di default"?
Come vorresti strutturare la tabelle per contenere sia i valori di default che quelli personalizzati dall'utente?

se si utilizza la 1, bisognerebbe creare un'altra colonna e le operazioni di "reset" sarebbero molto più complesse.
Per eseguire un "reset" dell'intera configurazione e' sufficiente una sola query di UPDATE.