nel mio host l'upload funziona, ma non so dirti su "move_uploaded_file", credo di no, visto che i files caricati vanno in una cartella temporanea.
la scrittura di files tramite fopen, ecc... non funziona al di fuori della cartella con permessi di scrittura "/public/".

tornando a noi, nella struttura #2 si può settare un valore di default per la colonna, per cui il reset della config avverrebbe tramite un truncate + insert values() che immette quelli di default.
nella struttura #1 invece o usi le subquery se hai i defaultvalues in un'altra colonna oppure non puoi memorizzarli nel db stesso.