Per includere il css metti:

<link rel="stylesheet" type="text/css" href="percorso/nomedelfile.css">

tra i tag <head> e </head> di ogni pagina. Poi puoi utilizzare le classi del css sugli elementi della tua pagina. Se questo non ti è chiaro mi sa che ti conviene guardarti la guida che trovi qui

Per il menu di navigazione non puoi fare include dinamici in un file html, devi farlo in php o asp.