non conosco prototype, ma puoi passare valori insieme alla chiamata ajax
http://www.prototypejs.org/api/ajax/updater

leggi http://www.prototypejs.org/api/ajax/options la parte relativa a parameters

sembra tu possa fare una cosa del genere

function nav_ajax(page,value){
new Ajax.Updater ('permessi',page,{method: "get", parameters:"valore="+value});
}

onchange="nav_ajax('permessi.php',this.options[this.selectedIndex].value);"

e in permessi.php ritrovi in $_GET['valore'] il valore passato

prova, io ovviamente non l' ho fatto