Io lo visualizzo con Safari...

Hai provato a fare un file php che faccia solo la funzione di mescolare l'array e stamparlo?

Almeno hai la certezza che lo script funziona. Altrimenti bisogna cercare di vedere meglio il codice della pagina...
Nello stesso div metti anche una frase fissa per vedere se ci sono altri problemi. Una cosa tipo..
codice:
<span class="description"> 
            <? 
$array=file("aggiornamentoindex/a.txt"); 
shuffle($array); 

echo $array[1]; 

?>   



Controllo

</span>