Non mi pare una boiata, anzi è un comportamento più che normale; se vuoi fare in modo che la cartella Programmi stia da un'altra parte ti creati un CD d'installazione unattended di Windows in cui specificherai il percorso che preferisci, quindi reinstalla Windows, in alternativa per ogni programma scegli l'installazione avanzata e specifica il percorso d'installazione che preferisci.