Se il sito è centrato, allora avrai sempre questo problema. Il punto è che per centrare un sito ci si riferisce alla larghezza totale della pagina. Nel momento in cui appare la barra di scorrimento, la larghezza della pagina diminuisce, e quindi il layout si sposta di conseguenza.

Se invece posizioni il sito a tot pixel dalla sinistra dello schermo allora il problema scompare, ma il sito non sarà più centrato a tutte le risoluzioni..