Risolto.
Non è un problema hardware, del resto è assai improbabile che due pc presentino lo stesso difetto quando questo non è "normale" e i beep continui non sono un difetto normale.
Controllando la lista dei file sugli hard disk incriminati mi sono accorto che il file NTLDR era di 1K. E' bastato ricopiare il file originale di 246K e tutto è ripartito normalmente.
Non so cosa abbia provocato il crash del file (forse un aggiornamento di windows?) ma qualcosa a livello software è intervenuto. Da dire per ulteriore informazione che le due macchine sono della asus.