Pulizia Codice:

Guarda, genera sicuramente un codice html più pulito, se analizzi il codice html generato da fckeditor dopo un po' di modifiche di un testo (tipo rimozione / aggiunta) di elementi vedrai che è un miracolo se i browser interpretano il codice generato.

Gestione Upload:

In questo tinymce è inferiore, ma non perchè il plugin per l'upload sia peggiore, purtroppo hanno fatto una scelta di non crearlo. Tuttavia si trovano plugin creati da terzi (uno a pagamento eccezionale) altri un po' meno belli.
In ogni caso fai prima a capire come crearti un plugin per l'upload di tinymce che la configurazione dei percorsi delle immagini nel file di configurazione di fckeditor (da spararsi)

Inizializzazione/Api

Per quanto riguarda le applicazioni che sviluppo, ho avuto modo di bestemmiare non poco per trovare un sistema per inizializzare l'fckeditor nel momento in cui visualizzo un div nascosto (ad esempio interfaccia a tab e l'editor sul secondo tab ancora invisibile) tinymce non soffre di questo problema.

La configurazione la puoi fare all'init, ed è molto più immediata di fckeditor.

Non so come gestisce i template fckeditor, ma con tinymce mi sono trovato benissimo.

Il plugin paste from word mi è sembrato più efficente di quello di fck.

Queste sono le mie opinioni, ovviamente se ti trovi in un ambiente in cui sei obbligato a usare fckeditor o che comunque è largamente utilizzato non è che puoi fare una crociata perchè te l'ho detto io.. .

Era solo per dare una testimonianza a riguardo.

ciao