Non vorrei dire assurdità, ma penso che questo sia dovuto ad un servizio che Aruba ha aggiunto, quello del backup. Tempo fa notai un problema simile al tuo con la gestione dei file in un sito statico. Dopo aver effettuato un upload, il nuovo file veniva visualizzato solo dopo circa mezz'ora o più dal momento in cui avevo effettuato l'upload.
Quindi penso che php c'entri poco qui. Devi rivolgerti direttamente a loro e fammi sapere.
Ciao