Se non lo hai già scarica pdfcreator

http://sourceforge.net/projects/pdfcreator/

copia il file pdfcreator.exe nella cartella

C:\WINDOWS\system32
(per velocizzare l'accesso basta che digiti system32 da esegui)

dalle opzioni di pdfcreator, nella sezione salvataggio automatico, spunta "Utilizza salvataggio automatico" e specifichi il percorso in cui vuoi che vengano salvati i pdf generati.

A questo punto in un file di blocco note copi questa stringa

pdfcreator.exe /NoStart /PF"C:\tuo_path_contenente_file_da_convertire\*.* "

Salvalo con estensione bat ed eseguilo.
Nel caso la prima volta ti dovesse comparire una finestrella, spunta o deseleziona (ora non ricordo) la voce di conferma.

P.S. Non so se sia possibile tramite riga di comando specificare il percorso di output dei file pdf generati senza definirlo a priori da interfaccia grafica.