Il certificato viene usato nelle connessioni SSL e ha due scopi:

1) dimostrare l'identità del sito che si sta contattando
2) trasportare la chiave pubblica del sito necessaria per proteggere lo scambio della session key usata per criptare la connessione


Se il certificato non è firmato da una CA ovviamente si ottiene solo il punto 2. La risposta alla tua domanda quindi è: per creare un canale criptato col server, indipendentemente dal fatto che la sua identità sia verificata o meno.