Premesso che di Javascript ne so ben poco, sempre cercando in Rete ho trovato qualcuno che ha modificato la funzione principale di thickbox così:
Codice PHP:
function tb_init(domChunk){
    $(
domChunk).click(function(){
    var 
this.title || this.name || null;
    var 
this.href || this.alt;
    var 
this.rel || false;
    
tb_show(t,a,g);
    
this.blur();
$(
domChunk).removeClass('thickbox'); // linea aggiunta per rimuovere la classe

    
return false;
    });

La funzione che richiama tb_init è nella funzione che carica gli items da mostrare
Codice PHP:
function jcarousel_itemLoadCallback(carouselstate)
{
    
// Fetch the visible range first (should be already preloaded)
    
jcarousel_itemFetchCallback(carouselcarousel.firstcarousel.last);

    var 
visible carousel.last carousel.first 1;

    
// ---

    
var first carousel.last 1;
    var 
last  first visible 1;

    var 
first2 last 1;
    var 
last2  first2 visible 1;

    
jcarousel_itemFetchCallback(carouselfirstlastfirst2last2);

    
// ---

    
var last  carousel.first 1;
    var 
first last visible 1;

    var 
last2  first 1;
    var 
first2 last2 visible 1;
 
// Apply thickbox
tb_init('a.thickbox');

imgLoader = new Image();// preload image
    
imgLoader.src tb_pathToImage;

    
jcarousel_itemFetchCallback(carouselfirstlastfirst2last2);
}; 
Senza aggiungere la linea commentata in tb_init() ,thickbox viene applicato regolarmente fino a quando ,scorrendo le varie immagini, non torno indietro su un'immagine già vista;in questo caso thickbox viene applicato tante volte quante sono le volte che l'immagine è stata 'ricaricata' in ajax.
Aggiungendo la linea,invece, thickbox viene applicato 'spesso', ma non sempre...