Ciao,
ti assicuro che il problema non è dovuto alla classe Configuration dato che tutti i valori presenti nel file ini vengono correttamente letti.

Il problema sta nel fatto che $this->configurationValues['error_reporting'] contiene una stringa (ad esempio "E_ALL") e non il valore rappresentato dalla costante E_ALL.
Purtroppo però non so come far interpretare una stringa di caratteri come il nome di una costante e non come un normale stringa.

La soluzione semplice e funzionante è quella di inserire nel file ini non la costante ma il suo valore numerico; in tal modo si perde però portabilità e compatibilità con le future versioni di php, cosa che vorrei evitare.