No,con questa funzione a volte carica il tutto normalmente, a volte cancella proprio la classe thickbox.

Ho invece risolto qualcosa modificando una riga nella funzione che ,in thickbox, si occupa di visualizzare la sua finestra
Codice PHP:
$("#TB_window").empty().append("[url=''][img]"+url+"[/img][/url]" + "<div id='TB_caption'>"+caption+"<div id='TB_secondLine'>" + TB_imageCount + TB_PrevHTML + TB_NextHTML + "</div></div><div id='TB_closeWindow'>[url='#']close[/url] or Esc Key</div>"); 
In pratica viene aggiunto empty(). prima di append().
Finalmente, tranne per il preloader che cmq compare in background (risolverò eliminando qualsiasi richiamo e amen) il ocntenuto non è caricato due volte; peccato che in Explorer 7 ,quando chiudo la finestra in thickbox, il contenuto di jcarousel impazzisce facendomi scomparire le immagini....(con firefox tutto ok...)