prova aggiungendo "padding:5px;" in fondo alle classi:
div#navigation a
div#navigation a:hover, div#navigation a:focus, div#navigation a:active

In pratica:
div#navigation a{color:#ffffff; font: normal bold 1.2em/2.5em arial,sans-serif; text-decoration: none;padding:5px;}
div#navigation a:hover, div#navigation a:focus, div#navigation a:active{color: #fff; background: #2988b9; padding:5px;}

Penso che sarebbe comunque meglio fare come dice gengix e riscrivere un codice migliore e che non ti darà mai sorprese.