ciao, certo che è possibile, potresti utilizzare i namespace system.io per la gestione dei file (fare un ciclo nella certella) e poi, caricare i dati da file a file.
Per interrogare i dati, puoi fare una select, vedi questa connectionstring http://www.connectionstrings.com/?carrier=excel mentre per utilizzare excel da .net, vedi questo articolo http://blog.shareoffice.it/emanuele/articles/200.aspx

Ciao EMa