Puoi usare un nome come "posizione[]" per i checkbox, in modo da avere i valori in un array. Per quanto riguarda il singolo valore, puoi semplicemente unire riga e colonna (magari con un separatore come ":" o "#" o quello che vuoi) nella stessa variabile (o, meglio, nello stesso elemento dell'array) e poi risepararle (explode()) nel codice che elabora i dati e li inserisce nel database.