Non mi pare complicatissimo
Codice PHP:
<?php
$list 
file("file.txt");

echo 
"<ul>";

foreach(
$list as $item)
{
    
$limit strpos($item',');
    
$number substr($item0$limit);
    
$string substr($item$limit+2);
    
    if(
eregi("[A-Z]{3}"$number))
    {
        
// Livello Principale
        
echo "[*]{$string}";
    }
    else
    {
        echo 
"<ul>";
        
        
$subnumber substr($number, -2);
        
        if(
eregi("00"$subnumber))
        {
            
// Secondo Livello
            
echo "[*]{$string}";
        }
        else
        {
            
// Terzo Livello
            
echo "<ul>[*]{$string}[/list]";
        }
        
        echo 
"[/list]";
    }
}

echo 
"[/list]";
?>