Dal momento che hai specificato tutto il disco (hda) e non una sua partizione (i.e. hda1) quello che copi sono TUTTI i dati che contiene, quindi non solo le partizioni ma anche i primi settori del disco, che contengono l'mbr.
Perché tutto vada a buon fine però occhio che hda ed hdb abbiano la stessa dimensione.

edit: non avevo letto che il disco di destinazione è più grande... in questo caso non ti saprei dire cosa possa succedere.