Io uso Httrack e talvolta mi perde qualche file per strada (cmq una minima parte).

Prova a fargli salvare direttamente le sottocartelle, oppure configura lo scaricamento senza dargli "regole" su estensioni e profondità di cartelle da ignorare...

In alternativa, prima usavo SuperBot, limitato a 100 file alla volta, ma se lo riavviavi, continuava dal 101° file al 200°, ecc...

Ora è trial, magari provalo e vedi se è meglio.