Scoperto l'arcano!
Il problema non stava in PHP ma nell'aplicazione.
Bastava solamente specificare su quale stampante inviare l'output, a quanto pare se si lancia l'applicazione da CMD o collegamento questa prende la stampante di default mentre se la si lancia da php bisogna specificare (nel codice dell'applicazione) quale stampante usare.
Per me si può chiudere
Grazie a tutti