Realizzare un programma di statistiche non è proprio una cosa da poco... dietro ci stanno anche considerazioni matematiche, e, se vuoi fare le cose fatte per bene, devi buttare giù un sacco di algoritmi (sai... realizzare un forum è ben più semplice).

Ti consiglio, per la mole dei dati, di realizzare una sola tabella globale che mantenga tutti i dati di sempre (e id, volendo)... quando questi diventano tanti sostituisci i primi 1000 valori con uno solo usando funzioni del php cumulative (contrassegnando nel DB con una voce speciale).
Quando estrai i dati normalmente i valori "speciali" dovranno subire un rilettura.
Questo significa che avrai gruppi di 1000 a 1000 (nel database 2 voci, alla lettura 2000)...

Altro piccolo consiglio: iscriviti a programmi come shiny o google per vedere i loro algoritmi o scarica programmi free...