Ciao!
Io avevo lo stesso problema, basta aggiungere un canale alfa allo sfondo.
Sulla finestra dei livelli di gimp fai click col destro e poi seleziona 'Aggiungi canale alfa'. Dopo con lo strumento bacchetta magica puoi selezionare il bordo del tuo disegno e con la gomma cancellare lo sfondo.
