Utilizzi qualche ide ?

Se fai il deployment "a mano" mi sembra ci sia un comando ben preciso (Questo pero' vale/valeva con tomcat per deployare l'applicazione).
Se utilizzi un ide come eclipse o netbeans puoi fare il deploy direttamente all'interno dell'ide, cliccando sul progetto e scegliendo la "voce" opportuna (deploy/undeploy se si tratta di netbeans)