Se ho ben capito il tuo problema, in Photoshop crei un nuovo livello sopra l'immagine, disegni il rettangolo azzurro e modifichi la percentuale di trasparenza/opacita' del livello.
Nel programma della Macromedia disegni sempre il rettangolo azzurro e giochi sul livello del canale alpha. Dovrebbe essere nel menu' che compare per selezionare il colore da usare per il riempimento

Spero di aver capito bene il tuo problema

Ciao