Ho già trovato il modo:
codice:
@ECHO OFF
@SET SCELTA=

SET /P SCELTA=Continuare [y/n] 

IF /I %SCELTA% EQU y ( 
GOTO PRIMO
) ELSE ( 
GOTO SECONDO
) 

:PRIMO

start fileuno.bat

GOTO FINE
:SECONDO

start filedue.bat

:FINE