Il controllo CustomValidator può lanciare due eventi, uno lato client, gestito da javascript, e uno lato server, gestito dal linguaggio che usi.

ad esempio, se hai un controllo chiamato Customvalidator2 che deve verificare se il checkbox check1 sia spuntato o no, si gestisce l'evento ServerValidate, come da codice

codice:
    Private Sub Customvalidator2_ServerValidate(ByVal source As Object, ByVal args As System.Web.UI.WebControls.ServerValidateEventArgs) Handles Customvalidator2.ServerValidate
        If Me.check1.Checked Then
            args.IsValid = True
        Else
            args.IsValid = False
        End If
    End Sub
ps. più sinteticamente qui: args.IsValid = Me.check1.Checked