Il giorno che da una pagina web sara' possibile lanciare comandi come tu li intendi penso che in molti cominceranno a leggere libri... o guardare la tv, oppure diventeranno esperti in rimozione virus. IMHO

Il browser e' uno strumento per presentare contenuti multimediali ed interrogare il web... per le altre cose ci sono altre vie.

Comunque skype mette a disposizione propri protocolli per linkare da una pagina l'avvio della comunicazione (o chat), per esempio:

chiama

Ovviamente devi avere skype installato.

ciao