Così?
Codice PHP:
<?php
$testo 
'<?php

$amici["Marco"] = "un grande";
$amici["Luigi"] = "l\\'
antipatico";

?>';

file_put_contents('pagina.php', 
$testo);
?>
Edit: l'apostrofo prima di antipatico va preceduto da un backslash, il forum lo toglie (l'\antipatico)